Система управления огнём комплекса Панцирь-С1 включает РЛС (на основе ФАР) обнаружения и две РЛС сопровождения (этот радар сопровождает как цели, так и ракеты земля-воздух, запускаемые комплексом). Для целей с эффективной площадью рассеяния 2 м² дальность обнаружения равна 32-36 км .

Кроме радара, система управления огнём также содержит оптико-электронный комплекс с длинноволновым термическим приёмником (инфракрасный пеленгатор), а также осуществляет цифровую обработку сигналов и автоматическое сопровождение цели. Существует упрощенная и удешевлённая версия Панцирь-С1 для экспорта, которая содержит только оптико-электронную систему управления огнём.

Два независимых средства наведения — радар и оптико-электронная система позволяют осуществлять захват четырёх  целей одновременно. Максимальная скорость захвата равна 10 целей в минуту.

· Высокая эффективность и боевая устойчивость системы ПВО во многом зависят от применения в ней современных универсальных зенитных комплексов ближнего действия, объединенных единой системой управления и координации с зенитными комплексами дальнего действия (ЗКДД).

· ЗКДД способны поражать самолеты тактической и стратегической авиации противника на дальности 200-400 км, а также самолеты — постановщики помех, что снижает уровень радиоэлектронного противодействия средствам ПВО. Вместе с тем они неэффективны при отражении низколетящих целей в ближней зоне и практически не защищены от малоразмерных ракет типа HARM.

• Зенитные комплексы ближнего действия защищают ЗКДД и средства радиотехнических войск от ударов всех типов высокоточного оружия, включая ракеты типа HARM, а также применяются для боевого усиления группировок войск ПВО на малых и предельно малых высотах.

· При самостоятельном использовании комплексы ближнего действияобеспечивают непосредственную оборону важнейших малоразмерных и точечных (более 70% от общего количества обороняемых) военных, военно-промышленных, энергетических и других объектов.